即杀灭病原微生物。国内外通常用氯或氯的化合物作为消毒剂投入水中水解成盐酸、次氯酸等有效氯，使其穿过微生物细胞壁，氧化酶系统，损伤细胞膜，使蛋白质、RNA、DNA 释放而死亡。盐酸、次氯酸也能破坏病毒的核酸致其死亡。

常用氯消毒剂有液氯、漂白粉，也可用制氯机电解盐水产生次氯酸或用二氧化氯发生器使NaClO3与HCl作用，产生ClO2、Cl2。污水排放量不大的单位常用液氯或漂白粉，因制氯机存在原料成本、运输、设备维护、故障修理问题。液氯属严控有毒物品，购买手续环节多，因其有效氯含量、杀菌效果**漂白粉且操作简便，为许多排水量不大医院可以选择。使用中，液氯通过真空投氯机水射器与水混合形成水化氯（Cl2 ·8H2O），进入接触消毒池与污水混合消毒。

投氯量，一级处理投氯量约在30～50mg/L，二级处理约在 15～25mg/L，实际投氯量根据余氯检测结果调整。投氯量过小，灭菌效果差。投氯量过大，一会对管道设施产生腐蚀，二会杀灭非病原微生物，三会造成氯浪费，四会形成二次污染。

氯是刺激性有毒物，常温常压下蒸发成氯气，遇眼结膜、呼吸道粘膜可附着在局部产生刺激作用;吸入浓度高，可侵犯呼吸道致肺水肿。液氯接触皮肤、粘膜，可致化学性灼伤。氯瓶需防爆、防高温。氯气蒸发为吸热过程，蒸发量大时产生冰冻，发现泄漏可用湿布包裹或喷水临时处置，严重时推入近旁碱水池。氨水与氯气作用形成氯化氨白烟，用于检漏。